汚れを溶解するような溶媒（メタノールなど）をシリンジで 20 mL程度注入しインジェクターを洗浄してください。その場合、LOAD と INJECT の両方の流路を洗浄してください。汚れがひどい場合には、インジェクターを分解して超音波で洗浄してください。ゴミのつまりの場合、逆方向からの洗浄が有効です。

下記のように吸着物を溶解するような溶媒で、通常分析時の半分程度の流速で 30 分程度洗浄してください。以下にカラム別洗浄方法を示します。
〈逆相〉
（a）吸着物がタンパク質でない場合、メタノールやテトラヒドロフランなど
または逆相クロマトグラフ用カラム洗浄用に最適化された組成を持つ逆相クロマトグラフ用カラム洗浄キット（#08966-30）のご使用をお薦めします。
（b）吸着物がタンパク質の場合、0.1 %程度トリフルオロ酢酸含有の 50～70 %程度のアセトニトリル/水。ただし、タンパク質の種類により有機溶媒濃度が高くなると析出する場合もありますので注意が必要です。
〈SL-Ⅱ〉メタノール、テトラヒドロフラン、工タノールなど
〈フラーレン用カラム〉o-ジクロロベンゼン、1,2,4-トリクロロベンゼンなど
〈Sugar-D・NH₂-MS・HILIC〉アセトニトリル/水＝50/50。Sugar-D および HILIC は水 100 %での洗浄も可能です。

〈SFC 用カラム〉使用された移動相よりも共溶媒の濃度を高めた移動相で洗浄してください。

（a）サンプルに適した前処理を行ってください。詳細は COSMOSIL テクニカルノート⑤をご参照ください。
（b）ガードカラムをご使用ください。詳細は COSMOSIL テクニカルノート⑧をご参照ください。

・カラムを洗浄する際はカラムの出口側を接続せずに通液してください。
・長時間の洗浄はカラムの性能を低下させる恐れがあります。
・シリカゲルベースの充填剤では pH 7.5 以上のアルカリ性水溶液および pH 1.5 以下の強酸の溶液は使用できません。
・洗浄後は出荷時の溶媒に置換して保管してください。
・ケース 1～3 の対処をされても改善されない場合、早期にカラムを交換することをお薦めします。

長期間の使用により（カラム内の）シリカゲルが割れて微細化し、圧力が上がっている可能性があります。