ナカライテスク株式会社

エタノール沈殿を促進

Gene-Packman Coprecipitant

  • 試料抽出
  • 電気泳動

ジーンパックマン共沈剤は、DNA や RNA などの核酸をエタノール沈殿 / イソプロパノール沈殿させる際に使用するアクリルアミド系共沈剤です。希薄な核酸溶液に本製品を添加することで、冷却不要で直ちに遠心操作を行えるだけでなく、微量な核酸サンプルの回収率を上げることができます。

特長
  • 微量核酸の回収率が上昇
  • 沈殿が容易に目視可能で実験操作が安心
  • 冷却不要で迅速なエタノール沈殿が可能
  • エンドトキシン、DNase、RNase 試験済み
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製品説明

性能評価 1 : 本製品を用いた微量核酸の回収

λ/HindⅢ(10 ng/500 μL)を 0.1 mol/L 酢酸ナトリウム存在下にて 1 mL のエタノールを加え、各条件で沈殿させた DNA のアガロース電気泳動を行った。

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① 1kbp DNA Ladder One(#08232)

② λ/HindⅢ(Control)

③ λ/HindⅢ + 本製品 3 μL(直ちに遠心)

④ λ/HindⅢ -20℃、60 分

⑤ λ/HindⅢ -80℃、60 分

⑥ λ/HindⅢ + A 社製品 3 μL(直ちに遠心)

⑦ λ/HindⅢ + B 社製品 5 μL(直ちに遠心)

⑧ λ/HindⅢ + Glycogen Soln. (#17110) 3 μL(直ちに遠心)

* B 社製品は、添付文書に従って 0.3 mol/L 酢酸ナトリウム存在下でエタノール沈殿を実施した。

以上の結果より、他社製品と同様に低温保存をしなくても微量 DNA が十分に回収できることが示されました。

性能評価 2 : 本製品が PCR に及ぼす影響

本製品が PCR へ与える影響を調べるために、あえて PCR 反応液へ加え、1,000 bp の DNA 領域を各社ポリメラーゼにより増幅した。反応は 25 μL(15 ng Template DNA、0.2 μM each Primer、0.2 mM dNTPs、ポリメラーゼおよび緩衝液は各添付文書に従った)で 94℃-0.5 分、55℃-0.5 分、72℃-1 分を 25 サイクル行った。

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本製品 ① 0 μL  ② 0.2 μL  ③ 0.5 μL  ④ 1 μL  ⑤ 3 μL  ⑥ 5 μL

以上の結果より、本製品は、PCR に影響を及ぼさないことが示されました。

Blend Taq、KOD Dash、KOD FX は東洋紡株式会社の、TaKaRa Ex Taq は宝ホールディングス株式会社の登録商標です。

性能評価 3 : 260 nm および 280 nm における吸光度

本製品および A 社製品について各原液、50 倍希釈溶液、100 倍希釈溶液の吸光度を測定しました。実験には 0.2 mL の原液または希釈液を供し、石英製ミクロセル(光路長 10 mm、光路幅 1 mm)を用いて 25℃ における吸光度を測定しました。またサンプルの希釈には超純水を採用しました。

A260
  原液 50 倍希釈 100 倍希釈
本製品 0.342 0.012 0.007
A 社製品 0.674 0.015 0.007
A280
  原液 50 倍希釈 100 倍希釈
本製品 0.283 0.010 0.005
A 社製品 0.568 0.011 0.005

製品使用例

実施例 : 本製品を併用して抽出した RNA の RT-qPCR への適用

細胞数の異なる HL-60 細胞から Sepasol®-RNA I Super G を用いて Total RNA を抽出しました。0.125 × 106 cells の HL-60 細胞においては、本製品を併用したサンプルも用意しました。抽出した Total RNA は DNase 処理後、RT-qPCR を行いました。なお、一連の操作において、各細胞数サンプルは、溶解液量などすべて同条件で処理しました。

Sepasol はナカライテスク株式会社の登録商標です。

RT-qPCR の結果

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プライマー 【Gene target】β-Actin
【Forward primer】5'-AAGAGAGGCATCCTCACCCT-3'
【Reverse primer】5'-TACATGGCTGGGGTGTTGAA-3'
【PCR product】218 bp
PCR 酵素(逆転写酵素) One Step TB Green® PrimeScript RT-PCR Kit II(Perfect Real Time)(タカラバイオ#RR086A)
PCR 条件 ① Hold(逆転写) 42℃(5 分) → 95℃(10 秒), 1 cycle
② 2 Step PCR 95℃(5 秒) → 60℃(30 秒), 40 cycles
③ Dissociation 95℃(15 秒) → 60℃(30 秒) → 95℃(15 秒), 1 cycle
リアルタイム PCR 装置 Thermal Cycler Dice® Real Time System III(タカラバイオ)

RNA を抽出する際、細胞数が少ないと、RNA 収量が減少し、サンプル間のばらつきも大きいですが、アルコール沈殿時に共沈剤を併用することで、収量を上げ、ばらつきを減らせることが示されました。

Thermal Cycler Dice、TB Green、PrimeScript はタカラバイオ株式会社の登録商標です。

顧客使用例

大腸菌からプラスミド DNA を抽出し、その抽出したプラスミド DNA に対して、本製品または A 社製品を用いたエタノール沈殿を行った。また、共沈剤を用いない一般的なエタノール沈殿を行い、これらの精製プラスミド DNA をアガロースゲル電気泳動によって比較した。

分析手順

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試薬・キット

  • 本製品
  • A 社製品
  • エタノール(#14713)
  • NucleoSpin Plamid QuickPure(MACHEREY-NAGEL #740615.250)

NucleoSpin は Macherey, Nagel GmbH & Co. KG Handelsgesellschaft の登録商標です。

結果(アガロース電気泳動)

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① 1kbp DNA Ladder One(#08232)

② A 社製品

③ 本製品

④ エタノール沈殿(共沈剤なし)

⑤ 粗精製プラスミド DNA

上図より、本製品または A 社製品を用いることで、従来のエタノール沈殿に比べ高純度、高収率でプラスミド DNA を精製することができた。また、本製品による精製 DNA と A 社製品による精製 DNA で、アガロース電気泳動の結果に差は見られなかった。

本データは(公財)京都高度技術研究所(ASTEM)産学連携事業部連携支援グループ(京都バイオ計測センター)奥村 健太 様、(地独)京都市産業技術研究所 バイオ系チーム 研究員 泊 直宏 様よりご提供いただきました。

関連資料

価格表

製品名 規格 貯法 製品番号 容量 オンラインカタログへ
Gene-Packman Coprecipitant SP 冷蔵 12680-30 1 kit e-Nacalai.jpg

3M 酢酸ナトリウム(pH 5.2)添付。 本製品は 100 μLのサンプルに対して、約 200 回使用できます。

※掲載内容は予告なく変更になる場合があります。