EpiCypher 社 CUTANA CUT&RUN キット / ライブラリー調製キット
EpiCypher 社では、ChIP-seq に代わる CUT&RUN や CUT&Tag アッセイで使用するキット・試薬を販売しています。 CUT&RUN や CUT&Tag は、クロマチン免疫沈降法に依存しないエピゲノム解析技術で、少数の細胞の解析に向いています。
ここでは、CUT&RUN キット / ライブラリー調製キットを紹介します。
CUTANA CUT&Tag キットはこちら
CUT&RUN / CUT&Tag は ChIP-seq と比較して
- ライブラリー調製までにかかる時間が大幅に短縮
- DNA-タンパク質の架橋、DNA の断片化、免疫沈降(IP)が不要
- 高品質な解析結果を少ない細胞数、シーケンスリード数で入手可能
■ シーケンスデータ解析までのフロー
CUT&RUN および CUT&Tag は、ChIP seq と比べて、ライブラリー調製までの時間を大幅に短縮できます。
■ シーケンスデータ解析結果(CUT&Tag、CUT&RUN、ChIP-seq)
CUT&RUN および CUT&Tag は、少ないシーケンスリード数で高品質のシーケンス解析が可能です。
■ CUT&RUN / CUT&Tag どちらを選択すればいい?
EpiCypher 社では、ターゲットに限らず、まずは CUT&RUN で解析することを推奨しています。 CUT&RUN は幅広い細胞タイプ、固定の条件、ターゲットに対応しています。CUT&Tag は、固定処理を行っていない native な細胞で、ターゲットがヒストン PTM(ヒストン翻訳後修飾)の場合に最適です。それぞれの特徴を下表に示します。
特徴 | ChIP-seq | CUTANA CUT&RUN | CUTANA CUT&Tag |
---|---|---|---|
サンプル | 断片化クロマチン | 細胞もしくは核 | 核(推奨) |
必要な細胞数 | > 1,000,000 個 | 500,000 個 | 100,000 個 |
ターゲット | ヒストン PTM、転写因子 | ヒストン PTM、転写因子、クロマチンリモデリング因子 | ヒストン PTM |
二次抗体 | 不要 | 不要 | 必要 |
ライブラリーの準備 | 必要 | 必要 | 不要(ダイレクト PCR) |
作業日数 (細胞→ライブラリー調製) |
< 1 週間 | < 3 日 | < 2 日 |
シーケンス深度 | > 3,000 万 | 300~500 万 | 500~800 万 |
S/N 比 | 低い | 高い | 高い |
スループット性 | 低い | 高い | 高い |
製品説明
CUT&RUN シーケンスデータ
CUT&RUN アッセイでは、さまざまなエピジェネティックターゲット(ヒストン PTM、転写因子、クロマチンに作用するタンパク質、クロマチンリモデリング)の解析が可能です。
アッセイフロー
キット構成
■ CUTANA ChIC/CUT&RUN キットの構成品
- CUTANA Concanavalin A Conjugated Paramagnetic Beads
細胞固定用ビーズ
- CUTANA pAG-MNase for ChIC/CUT&RUN Workflows
抗体結合クロマチンの DNA を選択的に切断します。
- Histone H3K4me3 Antibody, SNAP-Certified for CUT&RUN and ChIP
- CUTANA Rabbit IgG CUT&RUN Negative Control Antibody
ネガティブ / ポジティブコントロール抗体
- SNAP-CUTANA K-MetStat Panel
コントロールとして、リジン残基をメチル化した 15 種類の PTM および未修飾のものに、DNA バーコードを付与したデザインヌクレオソームが含まれています。
- CUTANA E. coli Spike-in DNA
CUT&RUN の標準化のためにコントロールとして使用できます。
- CUTANA CUT&RUN 8-strip 0.2 mL Tubes
- Bead Activation Buffer
- Pre-Wash Buffer
- Stop Buffer
- 5% Digitonin
- 1 M Spermidine
- 0.5 M EDTA
- 100 mM Calcium Chloride
- DNA Cleanup Columns
- DNA Collection Tubes
- DNA Binding Buffer
- DNA Wash Buffer
- DNA Elution Buffer
DNA 回収に必要な試薬および消耗品が全てそろっています。
■ ライブラリー調製キットの構成品
- Adapter for Illumina
- Ligation Mix
- Multiplexing Primers
- High Fidelity 2X PCR Master Mix
- SPRIselect reagent manufactured by Beckman Coulter, Inc.
- 8-strip Tubes
- 0.1X TE Buffer
- End Prep Enzyme
- End Prep Buffer
- Ligation Enhancer
- U-Excision Enzyme
Illumina シーケンシング用の調製キットです。二つのプライマーセット(Set 1 および Set 2)を販売しており、最大 96 サンプルの同時解析が可能です。SPRIselect reagent は磁気ビーズで、シーケンスライブラリー調製で必要な DNA 断片のサイズセレクションを行います。
Illumina は Illumina, Inc. の登録商標です。
価格表
※CUTANA ChIC/CUT&RUN Kit には、Library Prep Kit(シーケンスライブラリー調製用のキット)は含まれていません。
関連製品
Magnetic Separation Rack
製品名 | メーカー製品番号 | 容量 | オンライン カタログへ |
---|---|---|---|
Magnetic Separation Rack, 0.2 mL Tubes | 10-0008 | 1 rack | |
Magnetic Separation Rack, 1.5 mL Tubes | 10-0012 | 1 rack |
CUTANA CUT&RUN 抗体
EpiCypher 社の抗体は、CUT&RUN アプリケーションで検証済みのため、信頼性の高いデータが得られます。
EpiCypher 社 CUTANA CUT&RUN 抗体はこちら
※掲載内容は 2024 年 4 月現在の情報に基づいています。