ナカライテスク株式会社

エピジェネティクス研究に最適

EpiCypher 社 CUTANA CUT&RUN キット / ライブラリー調製キット

  • 他社品

EpiCypher 社では、ChIP-seq に代わる CUT&RUN や CUT&Tag アッセイで使用するキット・試薬を販売しています。 CUT&RUN や CUT&Tag は、クロマチン免疫沈降法に依存しないエピゲノム解析技術で、少数の細胞の解析に向いています。

ここでは、CUT&RUN キット / ライブラリー調製キットを紹介します。

CUTANA CUT&Tag キットはこちら

特長

CUT&RUN / CUT&Tag は ChIP-seq と比較して

  • ライブラリー調製までにかかる時間が大幅に短縮
  • DNA-タンパク質の架橋、DNA の断片化、免疫沈降(IP)が不要
  • 高品質な解析結果を少ない細胞数、シーケンスリード数で入手可能

■ シーケンスデータ解析までのフロー

CUT&RUN および CUT&Tag は、ChIP seq と比べて、ライブラリー調製までの時間を大幅に短縮できます。

I-491_1.png

■ シーケンスデータ解析結果(CUT&Tag、CUT&RUN、ChIP-seq)

CUT&RUN および CUT&Tag は、少ないシーケンスリード数で高品質のシーケンス解析が可能です。

I-491_2.png

■ CUT&RUN / CUT&Tag どちらを選択すればいい?

EpiCypher 社では、ターゲットに限らず、まずは CUT&RUN で解析することを推奨しています。 CUT&RUN は幅広い細胞タイプ、固定の条件、ターゲットに対応しています。CUT&Tag は、固定処理を行っていない native な細胞で、ターゲットがヒストン PTM(ヒストン翻訳後修飾)の場合に最適です。それぞれの特徴を下表に示します。

特徴 ChIP-seq CUTANA CUT&RUN CUTANA CUT&Tag
サンプル 断片化クロマチン 細胞もしくは核 核(推奨)
必要な細胞数 > 1,000,000 個 500,000 個 100,000 個
ターゲット ヒストン PTM、転写因子 ヒストン PTM、転写因子、クロマチンリモデリング因子 ヒストン PTM
二次抗体 不要 不要 必要
ライブラリーの準備 必要 必要 不要(ダイレクト PCR)
作業日数
(細胞→ライブラリー調製)
< 1 週間 < 3 日 < 2 日
シーケンス深度 > 3,000 万 300~500 万 500~800 万
S/N 比 低い 高い 高い
スループット性 低い 高い 高い

製品説明

キットには、CUT&RUN アッセイおよびライブラリー調製に必要な試薬・消耗品が含まれており、簡便にシーケンス解析が行えます。さまざまなターゲットおよび細胞タイプに対応しています。

CUT&RUN シーケンスデータ

CUT&RUN アッセイでは、さまざまなエピジェネティックターゲット(ヒストン PTM、転写因子、クロマチンに作用するタンパク質、クロマチンリモデリング)の解析が可能です。

I-491_3.png

アッセイフロー

I-491_5.png

キット構成

■ CUTANA ChIC/CUT&RUN キットの構成品

  • CUTANA Concanavalin A Conjugated Paramagnetic Beads
    細胞固定用ビーズ
  • CUTANA pAG-MNase for ChIC/CUT&RUN Workflows
    抗体結合クロマチンの DNA を選択的に切断します。
  • Histone H3K4me3 Antibody, SNAP-Certified for CUT&RUN and ChIP
  • CUTANA Rabbit IgG CUT&RUN Negative Control Antibody
    ネガティブ / ポジティブコントロール抗体
  • SNAP-CUTANA K-MetStat Panel
    コントロールとして、リジン残基をメチル化した 15 種類の PTM および未修飾のものに、DNA バーコードを付与したデザインヌクレオソームが含まれています。
  • CUTANA E. coli Spike-in DNA
    CUT&RUN の標準化のためにコントロールとして使用できます。
  • CUTANA CUT&RUN 8-strip 0.2 mL Tubes
  • Bead Activation Buffer
  • Pre-Wash Buffer
  • Stop Buffer
  • 5% Digitonin
  • 1 M Spermidine
  • 0.5 M EDTA
  • 100 mM Calcium Chloride
  • DNA Cleanup Columns
  • DNA Collection Tubes
  • DNA Binding Buffer
  • DNA Wash Buffer
  • DNA Elution Buffer
    DNA 回収に必要な試薬および消耗品が全てそろっています。

■ ライブラリー調製キットの構成品

  • Adapter for Illumina
  • Ligation Mix
  • Multiplexing Primers
  • High Fidelity 2X PCR Master Mix
  • SPRIselect reagent manufactured by Beckman Coulter, Inc.
  • 8-strip Tubes
  • 0.1X TE Buffer
  • End Prep Enzyme
  • End Prep Buffer
  • Ligation Enhancer
  • U-Excision Enzyme
    Illumina シーケンシング用の調製キットです。二つのプライマーセット(Set 1 および Set 2)を販売しており、最大 96 サンプルの同時解析が可能です。SPRIselect reagent は磁気ビーズで、シーケンスライブラリー調製で必要な DNA 断片のサイズセレクションを行います。

Illumina は Illumina, Inc. の登録商標です。

価格表

製品名 毒劇物 メーカー製品番号 容量 オンライン
カタログへ
CUTANA ChIC/CUT&RUN Kit 14-1048 48 reactions e-Nacalai.jpg
CUTANA CUT&RUN Library Prep Kit (Primer Set 1) 14-1001 48 reactions e-Nacalai.jpg
CUTANA CUT&RUN Library Prep Kit (Primer Set 2) 14-1002 48 reactions e-Nacalai.jpg

※CUTANA ChIC/CUT&RUN Kit には、Library Prep Kit(シーケンスライブラリー調製用のキット)は含まれていません。

関連製品

Magnetic Separation Rack

製品名 メーカー製品番号 容量 オンライン
カタログへ
Magnetic Separation Rack, 0.2 mL Tubes 10-0008 1 rack e-Nacalai.jpg
Magnetic Separation Rack, 1.5 mL Tubes 10-0012 1 rack e-Nacalai.jpg

CUTANA CUT&RUN 抗体

EpiCypher 社の抗体は、CUT&RUN アプリケーションで検証済みのため、信頼性の高いデータが得られます。

EpiCypher 社 CUTANA CUT&RUN 抗体はこちら

※掲載内容は 2024 年 4 月現在の情報に基づいています。