製品情報

エピジェネティクス研究に最適EpiCypher 社 CUTANA CUT&RUN / CUT&Tag キット

EpiCypher 社では、ChIP-seq に代わる CUT&RUN や CUT&Tag アッセイで使用するキット・試薬を販売しています。 CUT&RUN や CUT&Tag は、クロマチン免疫沈降法に依存しないエピゲノム解析技術で、少数の細胞の解析に向いています。

特長

CUT&RUN / CUT&Tag は ChIP-seq と比較して

  • ライブラリー調製までにかかる時間が大幅に短縮
  • DNA-タンパク質の架橋、DNA の断片化、免疫沈降(IP)が不要
  • 高品質な解析結果を少ない細胞数、シーケンスリード数で入手可能

 

シーケンスデータ解析までのフロー

CUT&RUN および CUT&Tag は、ChIP seq と比べて、ライブラリー調製までの時間を大幅に短縮できます。

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シーケンスデータ解析結果(CUT&Tag、CUT&RUN、ChIP-seq)

CUT&RUN および CUT&Tag は、少ないシーケンスリード数で高品質のシーケンス解析が可能です。

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CUT&RUN / CUT&Tag どちらを選択すればいい?

EpiCypher 社では、ターゲットに限らず、まずは CUT&RUN で解析することを推奨しています。 CUT&RUN は幅広い細胞タイプ、固定の条件、ターゲットに対応しています。CUT&Tag は、固定処理を行っていない native な細胞で、ターゲットがヒストン PTM(ヒストン翻訳後修飾)の場合に最適です。それぞれの特徴を下表に示します。

特徴ChIP-seqCUTANA CUT&RUNCUTANA CUT&Tag
サンプル断片化クロマチン細胞もしくは核核(推奨)
必要な細胞数> 1,000,000 個500,000 個100,000 個
ターゲットヒストン PTM、転写因子ヒストン PTM、転写因子、クロマチンリモデリング因子ヒストン PTM
二次抗体不要不要必要
ライブラリーの準備必要必要不要(ダイレクト PCR)
作業日数
(細胞→ライブラリー調製)
< 1 週間< 3 日< 2 日
シーケンス深度> 3,000 万300~500 万500~800 万
S/N 比低い高い高い
スループット性低い高い高い

CUT&RUN シーケンスデータ

CUT&RUN アッセイでは、さまざまなエピジェネティックターゲット(ヒストン PTM、転写因子、クロマチンに作用するタンパク質、クロマチンリモデリング)の解析が可能です。

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CUT&Tag シーケンスデータ

CUT&Tag アッセイでは、さまざまなヒストン PTM に対し高品質なシーケンスデータが得られます。

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CUTANA CUT&RUN キット / ライブラリー調製キット

CUT&RUN アッセイおよびライブラリー調製に必要な試薬・消耗品が含まれており、簡便にシーケンス解析が行えます。さまざまなターゲットおよび細胞タイプに対応しています。

アッセイフロー

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キット構成

CUTANA ChIC/CUT&RUN キットの構成品

  • CUTANA Concanavalin A Conjugated Paramagnetic Beads
  • 細胞固定用ビーズ

  • CUTANA pAG-MNase for ChIC/CUT&RUN Workflows
  • 抗体結合クロマチンの DNA を選択的に切断します。

  • Histone H3K4me3 Antibody, SNAP-Certified for CUT&RUN and ChIP
  • CUTANA Rabbit IgG CUT&RUN Negative Control Antibody
  • ネガティブ / ポジティブコントロール抗体

  • SNAP-CUTANA K-MetStat Panel
  • コントロールとして、リジン残基をメチル化した 15 種類の PTM および未修飾のものに、DNA バーコードを付与したデザインヌクレオソームが含まれています。

  • CUTANA E. coli Spike-in DNA
  • CUT&RUN の標準化のためにコントロールとして使用できます。

  • CUTANA CUT&RUN 8-strip 0.2 mL Tubes
  • Bead Activation Buffer
  • Pre-Wash Buffer
  • Stop Buffer
  • 5% Digitonin
  • 1 M Spermidine
  • 0.5 M EDTA
  • 100 mM Calcium Chloride
  • DNA Cleanup Columns
  • DNA Collection Tubes
  • DNA Binding Buffer
  • DNA Wash Buffer
  • DNA Elution Buffer
  • DNA 回収に必要な試薬および消耗品が全てそろっています。

ライブラリー調製キットの構成品

  • Adapter for Illumina
  • Ligation Mix
  • Multiplexing Primers
  • High Fidelity 2X PCR Master Mix
  • SPRIselect reagent manufactured by Beckman Coulter, Inc.
  • 8-strip Tubes
  • 0.1X TE Buffer
  • End Prep Enzyme
  • End Prep Buffer
  • Ligation Enhancer
  • U-Excision Enzyme
  • Illumina シーケンシング用の調製キットです。二つのプライマーセット(Set 1 および Set 2)を販売しており、最大 96 サンプルの同時解析が可能です。SPRIselect reagent は磁気ビーズで、シーケンスライブラリー調製で必要な DNA 断片のサイズセレクションを行います。

    Illumina は Illumina, Inc. の登録商標です。

価格表

製品名毒劇物メーカー製品番号容量オンライン
カタログへ
CUTANA ChIC/CUT&RUN Kit14-104848 reactionse-Nacalai.jpg
CUTANA CUT&RUN Library Prep Kit (Primer Set 1)14-100148 reactionse-Nacalai.jpg
CUTANA CUT&RUN Library Prep Kit (Primer Set 2)14-100248 reactionse-Nacalai.jpg

※CUTANA ChIC/CUT&RUN Kit には、Library Prep Kit(シーケンスライブラリー調製用のキット)は含まれていません。

関連製品

Magnetic Separation Rack

製品名メーカー製品番号容量オンライン
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Magnetic Separation Rack, 0.2 mL Tubes10-00081 racke-Nacalai.jpg
Magnetic Separation Rack, 1.5 mL Tubes10-00121 racke-Nacalai.jpg

CUTANA CUT&RUN 抗体

EpiCypher 社の抗体は、CUT&RUN アプリケーションで検証済みのため、信頼性の高いデータが得られます。

EpiCypher 社 CUTANA CUT&RUN 抗体はこちら

CUTANA CUT&Tag キット

CUTANA CUT&Tag キットには、ライブラリー調製までに必要な試薬が含まれており、簡便にシーケンス解析が行えます。ヒストン PTM の研究に最適で、また DNA 切断と同時にアダプターを挿入するためライブラリー調製が簡略化されます。

アッセイフロー

I-491_6.png

キット構成

CUTANA CUT&Tag キットの主な構成品

  • ConA Beads
  • 細胞固定用ビーズ

  • H3K27me3 Positive Control Antibody
  • Rabbit IgG Negative Control Antibody
  • Anti-Rabbit Secondary Antibody
  • ネガティブ / ポジティブコントロール抗体 / 二次抗体

  • SNAP-CUTANA K-MetStat Panel
  • コントロールとして、リジン残基をメチル化した 15 種類の PTM および未修飾のものに、DNA バーコードを付与したデザインヌクレオソームが含まれています。

  • pAG-Tn5
  • 抗体結合クロマチンの DNA を選択的に切断し、同時にアダプターでタグ付けを行います。

  • Multiplexing Primers
  • Non-Hot Start 2X PCR Master Mix
  • SPRIselect reagent manufactured by Beckman Coulter, Inc.
  • 8-strip Tubes
  • 4.5 M NaCl
  • 0.5 M EDTA
  • 1 M MgCl2
  • TAPS Buffer
  • SDS Release Buffer
  • SDS Quench Buffer
  • 0.1X TE Buffer
  • Pre-Wash Buffer
  • Pre-Nuclear Extraction Buffer
  • Bead Activation Buffer
  • 5% Digitonin
  • 1 M Spermidine
  • Illumina シーケンシング用の調製試薬が含まれています。二つのプライマーセット(Set 1 および Set 2)を販売しており、最大 96 サンプルの同時解析が可能です。SPRIselect reagent は磁気ビーズで、シーケンスライブラリー調製で必要な DNA 断片のサイズセレクションを行います。

    Illumina は Illumina, Inc. の登録商標です。

価格表

製品名毒劇物メーカー製品番号容量オンライン
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CUTANA CUT&Tag Kit (Primer Set 1)14-110248 reactionse-Nacalai.jpg
CUTANA CUT&Tag Kit (Primer Set 2)14-110348 reactionse-Nacalai.jpg

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製品名メーカー製品番号容量オンライン
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CUTANA CUT&Tag 抗体

EpiCypher 社の抗体は、CUT&Tag アプリケーションで検証済みのため、信頼性の高いデータが得られます。

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