CUT&RUN および CUT&Tag は、少ないシーケンスリード数で高品質のシーケンス解析が可能です。

EpiCypher 社では、ターゲットに限らず、まずは CUT&RUN で解析することを推奨しています。 CUT&RUN は幅広い細胞タイプ、固定の条件、ターゲットに対応しています。CUT&Tag は、固定処理を行っていない native な細胞で、ターゲットがヒストン PTM（ヒストン翻訳後修飾）の場合に最適です。それぞれの特徴を下表に示します。

特徴	ChIP-seq	CUTANA CUT&RUN	CUTANA CUT&Tag
サンプル	断片化クロマチン	細胞もしくは核	核（推奨）
必要な細胞数	> 1,000,000 個	500,000 個	100,000 個
ターゲット	ヒストン PTM、転写因子	ヒストン PTM、転写因子、クロマチンリモデリング因子	ヒストン PTM
二次抗体	不要	不要	必要
ライブラリーの準備	必要	必要	不要（ダイレクト PCR）
作業日数 （細胞→ライブラリー調製）	< 1 週間	< 3 日	< 2 日
シーケンス深度	> 3,000 万	300～500 万	500～800 万
S/N 比	低い	高い	高い
スループット性	低い	高い	高い

CUT&RUN アッセイでは、さまざまなエピジェネティックターゲット（ヒストン PTM、転写因子、クロマチンに作用するタンパク質、クロマチンリモデリング）の解析が可能です。

CUT&Tag アッセイでは、さまざまなヒストン PTM に対し高品質なシーケンスデータが得られます。

CUTANA ChIC/CUT&RUN キットの構成品

• CUTANA Concanavalin A Conjugated Paramagnetic Beads

細胞固定用ビーズ

• CUTANA pAG-MNase for ChIC/CUT&RUN Workflows

抗体結合クロマチンの DNA を選択的に切断します。

• Histone H3K4me3 Antibody, SNAP-Certified for CUT&RUN and ChIP
• CUTANA Rabbit IgG CUT&RUN Negative Control Antibody

ネガティブ / ポジティブコントロール抗体

• SNAP-CUTANA K-MetStat Panel

コントロールとして、リジン残基をメチル化した 15 種類の PTM および未修飾のものに、DNA バーコードを付与したデザインヌクレオソームが含まれています。

• CUTANA E. coli Spike-in DNA

CUT&RUN の標準化のためにコントロールとして使用できます。

• CUTANA CUT&RUN 8-strip 0.2 mL Tubes
• Bead Activation Buffer
• Pre-Wash Buffer
• Stop Buffer
• 5% Digitonin
• 1 M Spermidine
• 0.5 M EDTA
• 100 mM Calcium Chloride
• DNA Cleanup Columns
• DNA Collection Tubes
• DNA Binding Buffer
• DNA Wash Buffer
• DNA Elution Buffer

DNA 回収に必要な試薬および消耗品が全てそろっています。

ライブラリー調製キットの構成品

• Adapter for Illumina
• Ligation Mix
• Multiplexing Primers
• High Fidelity 2X PCR Master Mix
• SPRIselect reagent manufactured by Beckman Coulter, Inc.
• 8-strip Tubes
• 0.1X TE Buffer
• End Prep Enzyme
• End Prep Buffer
• Ligation Enhancer
• U-Excision Enzyme

Illumina シーケンシング用の調製キットです。二つのプライマーセット（Set 1 および Set 2）を販売しており、最大 96 サンプルの同時解析が可能です。SPRIselect reagent は磁気ビーズで、シーケンスライブラリー調製で必要な DNA 断片のサイズセレクションを行います。

Illumina は Illumina, Inc. の登録商標です。

CUTANA CUT&Tag キットの主な構成品

• ConA Beads

細胞固定用ビーズ

• H3K27me3 Positive Control Antibody
• Rabbit IgG Negative Control Antibody
• Anti-Rabbit Secondary Antibody

ネガティブ / ポジティブコントロール抗体 / 二次抗体

• SNAP-CUTANA K-MetStat Panel

コントロールとして、リジン残基をメチル化した 15 種類の PTM および未修飾のものに、DNA バーコードを付与したデザインヌクレオソームが含まれています。

• pAG-Tn5

抗体結合クロマチンの DNA を選択的に切断し、同時にアダプターでタグ付けを行います。

• Multiplexing Primers
• Non-Hot Start 2X PCR Master Mix
• SPRIselect reagent manufactured by Beckman Coulter, Inc.
• 8-strip Tubes
• 4.5 M NaCl
• 0.5 M EDTA
• 1 M MgCl₂
• SDS Release Buffer
• SDS Quench Buffer
• 0.1X TE Buffer
• Pre-Wash Buffer
• Pre-Nuclear Extraction Buffer
• Bead Activation Buffer
• 5% Digitonin
• 1 M Spermidine

Illumina シーケンシング用の調製試薬が含まれています。二つのプライマーセット（Set 1 および Set 2）を販売しており、最大 96 サンプルの同時解析が可能です。SPRIselect reagent は磁気ビーズで、シーケンスライブラリー調製で必要な DNA 断片のサイズセレクションを行います。

Illumina は Illumina, Inc. の登録商標です。